La dodicesima tappa di questa Dakar 2009, da Fiambala a La Rioja, nella privincia di Catamarca, era una delle più brevi della gara. La prova speciale è stata inoltre ulteriormente accorciata di 30 chilometri per aggirare dei siti archeologici recentemente ritrovati.
Difficile quindi aspettarsi delle sorprese, nonostante il terreno sabbioso e la pioggia e il vento che hanno caratterizzato i 231 chilometri di prova speciale. Ha vinto Cyril Despres, mentre Marc Coma ha badato a non prendere inutili rischi e ha marcato stretto il francese, giungendo a 1 minuto e 23 secondi. Despres dal canto suo è riuscito a superare Fretigne nella classifica generale, grazie al deludente sesto posto del francese ad oltre 10 minuti dal vincitore, causato da problemi di lubrificazione del motore della sua Yamaha.
Ora Coma guida con quasi un ora e mezza di vantaggio su Despres, mentre Fretigne è a oltre quattro minuti dal connazionale.

Classifica dodicesima tappa
1 DESPRES (FRA) KTM tempo 03:57:37
2 COMA (ESP) KTM a 00:01:23
3 FARRES GUELL (ESP) KTM a 00:09:47
4 CASTEU (FRA) KTM a 00:09:51
5 LOPEZ (CHL) KTM a 00:10:16
6 FRETIGNE (FRA) YAMAHA a 00:10:28
7 KNUIMAN (NLD) KTM a 00:11:47
8 ULLEVALSETER (NOR) KTM a 00:13:48
9 PRZYGONSKI (POL) KTM a 00:15:15
10 RODRIGUES (PRT) KTM a 00:19:49

Classifica generale
1 COMA (ESP) KTM tempo totale 47:51:30
2 DESPRES (FRA) KTM a 01:29:48
3 FRETIGNE (FRA) YAMAHA a 01:33:55
4 CASTEU (FRA) KTM a 02:16:13
5 RODRIGUES (PRT) KTM a 02:24:04
6 ULLEVALSETER (NOR) KTM a 02:24:07
7 VILADOMS (ESP) KTM a 02:27:57
8 VERHOEVEN (NLD) KTM a 02:45:14
9 KNUIMAN (NLD) KTM a 03:14:49
10 GONCALVES (PRT) HONDA a 03:53:16